يعود إنشاء الجامعة إلى قرار اللجنة الشعبية العامة (سابقا) رقم 535 لسنة 2007م بشأن إعادة تنظيم الجامعات والمعاهد العليـا والقاضي بإنشاء جامعـة الـوادي يتبعهـا 8 كـليـات موزعة جغرافيا بين مدن مرزق، أوباري وغات.

وقد عُزز ذلك القرار بصدور قرار مجلـس الـوزراء بحكومة الوفاق الوطني رقم 138 لسنة2017م  بشأن إنشاء جامعة فزان ومـقـرهـا مـديـنـة مـرزق وتشمل عدد 8 كليات كما تم إضافة كلية التمريض وكلية الهندسة الرقيبة بموجب قرار وزير التعليم بحكومة الوفاق الوطني رقم 1544 لسنة 2018م بشأن إضافة كـليـات لجامعة فزان.